2007年，注冊資本5000萬的申通快遞有限公司（以下簡稱"申通快遞"）、擁有注冊商標"STO申通快遞"成立，是申通快遞網絡的總部。申通快遞負責對申通快遞網絡加盟商的授權許可、經營指導、品牌管理等。目前，申通快遞擔任中國快遞協會、上海快遞行業協會和浙江快遞行業協會副會長單位，旗下的加盟商在各個省份也分別擔任著副會長或理事單位。

1993年，申通快遞品牌創建，是國內最早經營快遞業務的品牌之一（EMS快遞、圓通快遞），歷經十多年的發展，申通快遞在全國范圍內形成了完善、流暢的自營速遞網絡，基本覆蓋到全國地市級以上城市和發達地區縣級以上城市，尤其是在江浙滬地區，基本實現了派送無盲區。申通快遞在全國各省市（包括西藏拉薩等偏遠地區）有六百多個一級加盟商和兩千多個二級加盟商、四千多個門店，50多個分撥中心，全國網絡共有從業人員四萬多名，上萬輛干線和支線網絡車，日均業務量近百萬票，年營業額超過四十億元，成為國內快遞網絡最完整、規模最大的民營快遞體系。

申通快遞主要提供跨區域快遞業務，市場占有率超過百分之十，使公司成為國內快遞行業的龍頭企業之一。隨著國內快遞需求的多樣化，公司緊貼市場，不斷進行產品創新，繼續提供傳統快遞服務的同時，也在積極開拓新興業務，包括第三方物流、電子商務物流配送服務和代收貨款業務、倉儲服務、貴重物品通道服務等，目前已經成為國內最重要的電子商務物流供應商。

在未來，公司將繼續致力于民族品牌的建設和發展，不斷完善終端網絡、中轉運輸網絡和信息網絡三網一體的立體運行體系，立足傳統快遞業務，全面進入電子商務物流及3PL物流領域，以專業的服務和嚴格的質量管理來推動中國物流和快遞行業的發展，成為對國民經濟和人們生活最具影響力的企業之一。